Zijn interesses zijn: vliegen, duiken, skiën, trektochten, reizen, geschiedenis.
Toen Wubbo Ockels in 1978 gekozen werd als ESA-astronaut was André Kuipers net begonnen met zijn studie medicijnen. Sinds die tijd houdt hij zich al bezig met de ruimtevaart.
Hij behaalde zijn artsexamen in 1987 aan de Universiteit van Amsterdam.
Als arts werkte hij mee aan medische ruimtevaartexperimenten, deed onderzoek naar longfuncties in gewichtloze toestand en vloog verschillende keren als arts, onderzoeker en proefpersoon mee met de paraboolvluchten die ESA twee keer per jaar uitvoert.
In oktober 1998 werd Kuipers geselecteerd als astronaut en in juli 1999 voegde hij zich officieel bij het Europese Astronautenteam, dat als thuisbasis het Europese Astronauten Centrum, EAC, in Keulen heeft.
André Kuipers is sinds 1999 astronaut bij de Europese ruimtevaartorganisatie ESA.
Na Wubbo Ockels was hij de tweede Nederlandse astronaut die de ruimte inging.
In december 2002 werd André Kuipers aangewezen als boordingenieur voor een Soyuz-missie naar het internationale ruimtestation ISS, missie DELTA vond plaats van 19 tot 30 april 2004.
Hij is betrokken bij de ontwikkeling van onderdelen en experimenten die ESA aan het ruimtestation bijdraagt, bij de wetenschappelijke paraboolvluchten, het ontwikkelen van ruimtevaarttoepassingen in de medische wereld en de ondersteuning van de vluchten van zijn collega-astronauten.
Daarnaast is André Kuipers bijzonder hoogleraar aan de VU in Amsterdam.